"Vi kommer att minnas hans hängivenhet för Israel och hans försök att skapa fred mellan Israel och palestinierna. Vi kommer att sakna honom. Tack, Jason!" skriver den amerikanske presidenten på Twitter.
Greenblatt väntas avgå när den amerikanska regeringen presenterar ett slutförslag på lösning på konflikten mellan Israel och de palestinska myndigheterna, rapporterar CNN med hänvisning till en befattningshavare.
Palestinierna har dömt ut USA som fredsmäklare efter Trumps beslut 2017 att erkänna Jerusalem som Israels huvudstad.
Greenblatt, som när han tillträdde avsåg att sitta på posten i två år, är den senaste i en lång rad ministrar och topptjänstemän som lämnat Trumpstyret. Några av dem som har lämnat är försvarsminister Jim Mattis, utrikesminister Rex Tillerson, justitieminister Jeff Sessions, ministern för inrikes säkerhet Kirstjen Nielsen, Vita husets stabschef John Kelly och USA:s nationelle underrättelsechef Dan Coats.
