I stämningen nämns också vice justitieminister Rod Rosenstein, som utnämnde Mueller i maj och har uppdraget att granska hans arbete. Stämningen anklagar Rosenstein för att ha överträtt lagens råmärken vid definitionen av Muellers uppdrag och givit den särskilde åklagaren för vidlyftiga befogenheter.
Mueller har, enligt Manafort, fått fria händer att utreda möjlig kriminalitet "i samband med allt han snubblar över".
I stämningen ber Manafort också domstolen om att ogiltigförklara åtalet mot honom själv.
Muellers kansli avböjer att kommentera stämningen.