Nikkei 225-index gick ned 0,4 procent, och det bredare topix 0,3 procent.
Även i Hongkong var det bistra miner. Hang Seng föll 0,6 procent och Shanghais kompositindex sjönk en aning.
Toshibas aktie tappar rejält på Tokyobörsen efter farhågor kring framtiden för den japanska elektronikjätten. Företaget har länge haft stora förluster i sin kärnkraftsverksamhet.
Toshiba har så stora problem att det anrika företaget kan komma att slängas ut från Tokyobörsen om inte en inlämnad rapport om interna kontroller godkänns.
Aktien hade fallit 13,6 procent på onsdagseftermiddagen lokal tid.
