Det handlar om 37 fall av uttag från konton i 10 olika banker, uppger operatören och regeringen, skriver Japan Times.
NTT Docomo uppger att man ska försöka kompensera de som utsatts efter förhandlingar med bankerna.
I maj i fjol avslöjades liknande fall och operatören uppger att man inte lyckats öka säkerheten tillräckligt mycket för att hindra att det skulle hända igen.
Med E-money kan användare med mobilen betala i butiker och göra överföringar.
