I fredags dog den framstående forskaren efter ett angrepp mot en bil han färdades i utanför huvudstaden Teheran. Fakhrizadeh har i väst pekats ut som hjärnan bakom de försök att bygga atombomber som Iran anklagats för.
Mordet utfördes av Israel, med stöd av USA, säger president Hassan Rohani enligt statlig tv i Iran.
”Än en gång har den globala arrogansens händer, med den sionistiska regimen som inlejd usurpator, fläckats av blodet från en av våra söner”, säger Rohani i ett uttalande, enligt kanalen.
Iranska ledare har hotat med hämnd för attentatet mot kärnfysikern, som enligt iranska medier avled på sjukhus efter att ha blivit skjuten.
Fakhrizadehs död befaras kunna provocera fram en konfrontation mellan Iran och andra länder under Donald Trumps sista tid som president i USA. Detta kan i sin tur komplicera den tillträdande presidenten Joe Bidens hopp om att återskapa den bättre relation med Iran som fanns under Barack Obamas presidentskap.
Rohani säger att dådet inte får hindra landets utveckling.
”Mordet på martyr Fakhrizadeh visar våra fienders förtvivlan och djupet i deras hat. Hans martyrskap ska inte bromsa våra prestationer”, säger han i ett uttalande, enligt statlig tv i Iran.