SAS böter står kvar på 70,2 miljoner euro, motsvarande knappt 665 miljoner kronor.
Det tillkännagav kommissionen i ett pressmeddelande.
Kommissionens ursprungliga beslut från 2010 upphävdes av EU-domstolens tribunal 2015 på förfarandemässiga grunder. De ursprungliga böterna var på 799 miljoner euro, knappt 7,6 miljarder kronor, för samtliga flygbolagen.
SAS resultatförde beloppet under det andra kvartalet i det brutna räkenskapsåret 2015/2016.
Redan förra veckan spekulerades det i att konkurrenskommissionären Margrethe Vestager skulle kunna komma att ändra sig om böterna för att förekomma kritik om att EU favoriserar amerikanska bolag inför ett besök hon ska göra i Washington senare i mars.
"Att samarbeta i en kartell i stället för att konkurrera för att erbjuda kunderna bättre tjänster kan inte godtas av kommissionen. Dagens beslut säkerställer att företag som ingick i flygfraktskartellen sanktioneras för sitt beteende", sade Vestager i ett uttalande.
Kartellen var verksam från december 1999 till februari 2006 och fastställde nivåer på bränsletilläggsavgifter och säkerhetstilläggsavgifter genom bilaterala och multilaterala kontakter mellan bolagen.
EU-domstolens tribunal upphävde det ursprungliga beslutet efter att ha funnit en diskrepans mellan motiveringen och artikeldelen av beslutet.
I motiveringen beskrevs konkurrensbrottet som en enda kontinuerlig överträdelse av samtliga bolag. I artikeldelen beskrevs det dock som fyra separata konkurrensbrott där endast vissa bolag deltog i alla fyra.
Kommissionen har nu rättat till detta och vidhåller att bolagen har deltagit i en priskartell.
De böter som nu ålagts SAS igen kommer att belasta SAS resultat för andra kvartalet 2016/2017 som en engångspost.
SAS överklagandet kan ta flera år.
"Vi ifrågasätter starkt att EU-kommissionen åter antar ett beslut som redan har upphävts av EU-domstolen en gång," säger Marie Wohlfahrt, SAS chefsjurist i ett pressmeddelande.
"SAS har under hela processen samarbetat med EU-kommissionen och har under drygt elva år argumenterat mot EU-kommissionens uppfattning att SAS Cargo skulle ha deltagit i
en global kartell", fortsätter Marie Wohlfahrt.