"På ett stort antal europeiska rutter, huvudsakligen från Irland, är de två flygbolagen varandras närmaste konkurrenter och hindren för inträde verkar höga", fortsatte kommissionen.
"Övertagandet kan därför leda till eliminering av verklig och potentiell konkurrens på ett stort antal av dessa rutter", slog kommissionen fast.
Ryanair anmälde fusionen till kommissionen den 24 juli. Den fördjupade granskningen som nu startas kommer att ta 90 arbetsdagar, eller fram till den 14 januari nästa år.
Kommissionen underströk att starten av en fördjupad undersökning inte föregriper det slutliga beslutet.
Kommissionen kan då stoppa fusionen eller godkänna den. Godkännanden efter en fördjupad undersökning har i tidigare fusionsundersökningar inneburit att kommissionen har krävt ändringar, exempelvis försäljning av verksamhet.