Substansvärdet, det vill säga summan av alla investmentbolagets tillgångar och skulder, sjönk under perioden med 11,3 procent.
Substansvärdet uppgick vid periodens utgång till 57,7 miljarder kronor, jämfört med 65,1 Mkr vid slutet av mars.
Samtidigt minskade substansrabatten, skillnaden mellan tillgångarnas bokförda värde och Kinneviks marknadsvärde på börsen, till 32,8 procent.
Vid slutet av första kvartalet var substansrabatten 34,5 procent.
Företaget fortsätter att investera stort inom området online. Kinnevik sköt under andra kvartalet in ytterligare 1,1 miljarder det tyska bolaget Rocket Internet, som har specialiserat sig på att kopiera andra it-företags affärsidéer och sedan vidareutveckla dem.
Kinnevik upprepar i delårsrapporten att bolaget ska investera totalt 5 miljarder kronor under 2012.
Investmentbolaget har ännu inte bokfört affären mellan skogsbolagen Korsnäs och Billerud. Kinnevik avvaktar istället konkurrensmyndigheternas godkännande.
När transaktionen väl blir slutförd kommer Kinnevikkoncernens nettoskuld att minska med 8,4 miljarder kronor, varav 2,7 miljarder kronor är kontant betalning och 5,7 miljarder kronor är skulder relaterade till Korsnäs.