Muslimska brödraskapet hävdade på fredagen att deras kandidat Muhammed Morsi fått 30 procent av rösterna. Om det stämmer räcker det för att han ska gå vidare till en andra valomgång. Enligt muslimska brödraskapets vallokalundersökning kommer han i så fall att få möta Ahmed Shafiq, som var Hosni Mubaraks siste premiärminister.
Opininsmätningarna före valet var dock motsägelsefulla och det finns minst två andra kandidater som har en chans att gå vidare. Det är förre utrikesministern under Mubarak, Amr Moussa, och den mer liberale islamisten Abdulmoneim Abdoul Fotouh.
Det officiella valresultatet beräknas komma först på tisdag i nästa vecka.
Den första prövningen för Egypten kommer när militärrådet, som styrt Egypten sedan Hosni Mubarak tvingades bort i febriari förra året, ska lämna över makten till den nye presidenten.
Utgången av den andra valomgången den 16 och 17 juni kommer att bli avgörande för hur den processen går. Militärrådet anses föredra en mer sekulär president, alltså någon av de tidigre Mubarak-medarbetarna.
Muslimska brödraskapet har upprepade gången uttrckt oro för att militären inte kommer att släppa makten efter valet. Även bland utländska bedömare finns en oro för den kommande utvecklingen.
"Det viktigaste just nu är att Egyptens första president efter revolutionen verkligen ses som folkes fria val. Men just nu är det högst osäkert på grund av kaoset och dramatiken som omger valprocessen", skriver mellanösternkännaren Jeff Martin på Rand Corporation i en kommentar.
En helt annan fråga är vilken riktning Egypten kommer att ta efter att den nye presidenten installets senare i sommar.
Om Muhammed Morsi vinner kommer muslimska brödraskapet tillsammans med andra islamistiska partiet att ha total politisk kontroll i Egypten, med majoritet i parlamentets båda kamrar.
Islamisterna har hittills indikerat att de vill se en tuffare islamsk lagstiftning, baserad på ett slags modern sharia. Förebilden är snarare Turkiet än Saudi Arabien.